Trong quá trình thực hiện nhiệm vụ, Thanh tra KBNN Hà Nội phát hiện việc trích lập các quỹ từ các khoản thu từ hoạt động quản lý dự án và việc chậm thu hồi tạm ứng bồi thường, hỗ trợ đền bù giải phóng mặt bằng tại một số ban quản lý dự án đầu tư xây dựng (BQLDA) còn một số tồn tại phổ biến, tiềm ẩn nhiều nguy cơ rủi ro cần được trao đổi, chia sẻ để đảm bảo chấp hành đúng chủ trương, chính sách của nhà nước về quản lý Quỹ NSNN.