Nghiên cứu sử dụng mô hình MIKE 11 kết hợp với chỉ số WQI để đánh giá diễn biến chất lượng nước mặt vùng Tứ Giác Long Xuyên. Kết quả cho thấy diễn biến chất lượng nước tốt nhất tại vị trí đầu kênh Xáng Vịnh Tre tiếp giáp với sông Hậu-NĐ5(N)-CP và vị trí cuối rạch Ông Chưởng giáp sông Hậu-NĐ20(N)-CM (đồng mức sử dụng cho mục đích tưới tiêu cả 3 năm liên tiếp), xấu nhất tại điểm giữa kênh Mặc Cần dưng tiếp giáp kênh Xáng Cây Dương-NĐ9(N)-CT, vị trí cuối kênh Tám Ngàn, tiếp giáp Kiên Giang- NĐ12(N)-TT và kênh Xáng Cà Mau giáp kênh Đồng Xút-NĐ24(N)-CM. Mô phỏng chất lượng nước theo kịch bản 1, nồng độ các chất cao
TSS 56,78 mg/l, BOD5 5,73 mg/l, COD 5,73 mg/l, Tổng N 1,97 mg/l, Tổng P 0,332 mg/l trong mùa kiệt. Với kịch bản 2, khi dân số tăng, kinh tế phát triển thì nồng độ TSS 33,68 mg/l, tăng khoảng 15,3% so với hiện trạng. Nếu theo kịch bản 3 thì khi xây dựng công trình cống ngăn mặn đã tác động tới chế độ dòng chảy và làm cho nồng độ BOD tăng cao hơn so với hiện trạng khoảng 9,996 mg/l, diễn biến nồng độ BOD phía thượng lưu do không bị tác động bởi chế độ thủy triều nên biên độ giao động không lớn và nồng độ tăng dần theo thời gian đóng cống.