Sàng lọc gen mã hóa protein ức chế protease từ metagenomics của vi sinh vật liên kết với hải miên biển Quảng Trị, Việt Nam

0 Người đánh giá. Xếp hạng trung bình 0

Tác giả: Thị Kim Cúc Nguyễn, Việt Cường Phạm, Thị Hồng Trần

Ngôn ngữ: vie

Ký hiệu phân loại:

Thông tin xuất bản: Sinh học, 2019

Mô tả vật lý: 49-60

Bộ sưu tập: Metadata

ID: 429746

Thêm vào giỏ Liên kết toàn văn

Từ 6 mẫu DNA của vi sinh vật liên kết với hải miên thu thập tại biển Quảng Trị, đã lựa chọn được một mẫu DNA QT2 đạt hàm lượng và độ tinh sạch cao để giải trình tự metagenomics. Sau khi giải trình tự shortgun metagenome toàn bộ của mẫu QT2 đã nhận được 44.117.722 reads, từ đó sắp xếp được 120.236 contigs. Tổng số khung đọc mở dự đoán là 386.416 và đã chú giải chức năng gen theo 7 cơ sở dữ liệu khác nhau , trong đó dựa trên cơ sở dữ liệu Swiss-Prot đã chú giải được chức năng cho 266.553 gen. Bên cạnh đó, dựa vào số liệu metagenome nhận được, đã sàng lọc được 50 gen hoàn chỉnh mã hóa protein ức chế protease. Trong đó, 28 gen mã hóa protein thuộc họ serpin, còn lại 22 gen mã hóa cho các protein thuộc nhóm ức chế Inter-alpha-trypsin.

1. Đọc trực tuyến

1. Đọc trực tuyến

Tạo bộ sưu tập với mã QR