Trong bối cảnh gia tăng chính sách khai thác thuộc địa của chế độ thực dân, tiếp sau thời kỳ đấu tranh chống Pháp rầm rộ bởi sự quy tụ các trung tâm kháng chiến trên phạm vi cả nước, một số địa phương cũng quật khởi vùng lên, trong đó có cuộc nổi binh do Võ Trứ và Trần Cao Vân lãnh đạo ở Phú Yên. Do nguồn tài liệu tại chỗ hiếm hoi, lại chịu sự chi phối của những nhận thức dân gian một cách đậm nét, các nghiên cứu trước nay về sự kiện phần nhiều thiếu chân xác, tùy tiện suy diễn hoặc mang tính sao chép, rập khuôn, ví như về ngọn cờ mang tên ''Minh Trai chủ tể, về hình thức dung hợp tôn giáo hoặc thậm chí lý tưởng đạo Phật, về lực lượng tham gia, về thân thế các lãnh tụ... Trên cơ sở nguồn sử liệu mới vừa được cập nhật, bài viết tiến hành phê phán các tài liệu trước nay, đồng thời đưa ra các kiến giải hợp lý với sự xác lập một vài nhận thức mới về vấn đề Võ Trứ không phải xuất thân từ sư tăng cũng như ông và phần đông nghĩa đảng không phải ''giặc thầy chùa''
chùa Từ Quang/Đá Trắng không phải là đại bản doanh hay cơ sở chính để chiêu tập lực lượng của cuộc nổi dậy
Võ Trứ và Trần Cao Vân chính là hai thủ lĩnh nhà Nho nhiệt huyết đứng ra vận động cuộc kháng Pháp, từ đó cuộc khởi nghĩa mang tên hai ông là sự tiếp nối phong trào Cần vương ở Phú Yên và cả nước nói chung. Đây cũng chính là hoạt động sử học thiết thực góp phần phục dựng sự kiện quan trọng này một cách tiệm cận hơn với sự chân xác của lịch sử.