Rèn luyện kỹ năng tư duy phản biện cho học sinh là yêu cầu cần thiết trong bối cảnh đổi mới giáo dục dựa trên năng lực của người học và chất lượng. Sử dụng câu hỏi rèn luyện kĩ năng tư duy phản biện trong dạy học phần Vi sinh vật và vi rút là một trong những biện pháp nhằm phát triển các năng lực cốt lõi cho học sinh như năng lực sinh học, năng lực giải quyết vấn đề, năng lực sáng tạo. Bài viết đề xuất quy trình thiết kế câu hỏi rèn luyện kĩ năng tư duy phản biện. Quy trình đã thiết kế được áp dụng để xây dựng câu hỏi rèn luyện tư duy phản biện trong dạy học chủ đề "Trao đổi chất, sinh trưởng và sinh sản ở vi sinh vật" (Sinh học 10).