Hệ thống thông tin kế toán, đặc biệt là hệ thống thông tin kế toán quản trị, luôn đóng vai trò quan trọng trong việc thực hiện các mục tiêu chiến lược của tập đoàn. Hiện nay, việc áp dụng hệ thống thông tin kế toán để quản lý chi phí, hỗ trợ ra quyết định cũng như như việc kiểm soát ở các đơn vị sự nghiệp công lập còn yếu, ảnh hưởng đến quyết định của người quản lý. Bài viết nghiên cứu thực trạng ứng dụng hệ thống thông tin kế toán quản lý chi phí tại các đơn vị sự nghiệp công lập, qua đó chỉ ra một số hạn chế. Từ đó, bài viết đưa ra một số ý tưởng về việc tổ chức và áp dụng hệ thống thông tin kế toán để quản lý chi phí trong các đơn vị sự nghiệp công lập nhằm hoàn thiện hệ thống thông tin kế toán ngày càng tốt hơn.