Tải lượng đạm (N) và lân (P) từ ao nuôi thâm canh cá tra được xác định theo phương pháp cân bằng dinh dưỡng và đánh giá trực tiếp chất lượng môi trường ao nuôi. Phương pháp cân bằng dinh dưỡng là xác định tải lượng ô nhiễm dựa vào lượng đạm và lân đưa vào ao nuôi (chủ yếu là thức ăn) và lượng đạm, lân thu hoạch (sản lượng cá). Phương pháp khảo sát chất lượng môi trường ao nuôi là xác định tải lượng dựa và tổng lượng đạm, lân trong nước thải và bùn thải của ao nuôi. Vì vậy, tải lượng ô nhiễm từ ao nuôi cá tra phụ thuộc nhiều vào giai đoạn phát triển của cá, loại thức ăn, mật độ cá thả nuôi, tần suất thay nước, đặc điểm của ao nuôi. Tải lượng TN và TP của ao nuôi thâm canh cá tra dao động lần lượt là 25,19-46,6 và 9,9-18,4 kg/tấn cá, chủ yếu là từ nước thải (trên 80%) ở các ao nuôi ven sông lớn, tuy nhiên các ao nuôi nội đồng là trong bùn thải (trên 90%). Kết quả ước tính tải lượng TN và TP từ hoạt động nuôi cá tra ở vùng đồng bằng sông Cửu Long từ năm 2007 - 2017 dao động lần lượt là 45.800-58.624 tấn đạm/năm và 12.150-15.552 tấn lân/năm. Vì vậy, vấn đề cấp thiết hiện nay là cần có giải pháp để sử dụng hiệu quả dinh dưỡng đầu vào, xử lý và tận dụng tốt nguồn dinh dưỡng này để có thể bảo vệ môi trường và phát triển bền vững nghề nuôi trồng thủy sản của vùng.