Thẩm định phương pháp hay còn gọi là xác nhận giá trị sử dụng của phương pháp là công việc luôn cần phải tiến hành trước khi phòng thí nghiệm đưa phương pháp đó vào sử dụng với các mục đích khác nhau, đặc biệt khi dùng cho kiểm nghiệm hoặc nghiên cứu. Labo Trung Tâm của Viện Đào tạo Y học dự phòng và Y tế công cộng (PTN) tiến hành thẩm định sáu phương pháp xác định vi sinh vật trong nước và thực phẩm có các kết quả về giới hạn phát hiện đạt yêu cầu so với ngưỡng quy chuẩn kỹ thuật quốc gia
độ đặc hiệu, độ nhạy, độ đúng đều đạt 100 % cho các phương pháp định tính. Đối với các phương pháp định lượng có các kết quả giới hạn định lượng đạt yêu cầu so với ngưỡng của quy chuẩn kỹ thuật quốc gia
độ lệch chuẩn lặp lại <
14 %, độ lệch chuẩn tái lặp <
16 % cho các phương pháp định lượng.