Các nghiên cứu về nang trùng roi cung cấp kiến thức quan trọng về sinh thái học của tảo hai roi và tảo có hại (HAB). Trong nghiên cứu này, sự phân bố và sự phong phú của các nang tảo đơn roi trong trầm tích bề mặt từ 17 trạm ở Vịnh Vân Phong đã được phân tích. Có 55 loại u nang khác nhau đại diện cho 3 bộ và 18 chi, và 8 loại u nang không xác định được ghi nhận. Peridiniales là thứ tự đa dạng nhất với 29 loại u nang, trong đó có 20 loại u nang Protoperidinium. Đã tìm thấy 10 loại nang của 7 loài tảo hai roi độc hại và 4 loài hình thành dạng nở hoa, cho thấy nguy cơ tiềm ẩn về hiện tượng tảo nở hoa có hại ở Vịnh Vân Phong. Số loại và mật độ u nang dao động từ 12 đến 31 loại và tương ứng từ 115 đến 3.760 trên gam trầm tích trọng lượng khô. Nang Leonella granifera chiếm ưu thế ở các trạm ở cửa Vịnh, trong khi nang Scrippsiella trochoidea chiếm ưu thế ở tất cả các trạm. Chỉ số đa dạng Shannon (H ') thấp, thay đổi từ 1,19 đến 2,72. Có hai tập hợp nang khác biệt được xác định với độ tương đồng 40% Bray-Curtis, tập hợp I với 2 trạm (VP09 và VP10), và tập hợp II với các trạm khác.