Dựa vào hoạt động nghiên cứu khoa học trong dạy học và sự đổi mới phương pháp dạy học trong chương trình phổ thông năm 2018, bài viết nghiên cứu cơ sở lí luận để hình thành quy trình gồm 6 bước thiết kế khung kiểm tra, đánh giá năng lực nghiên cứu khoa học của học sinh trung học cơ sở trong môn Khoa học tự nhiên và đề xuất khung năng lực nghiên cứu khoa học của học sinh làm cơ sở để giáo viên thực hiện kiểm tra, đánh giá học sinh trong quá trình triển khai hoạt động. Trên cơ sở khung năng lực nghiên cứu khoa học, đề tài tiến hành thu thập dữ liệu năng lực nghiên cứu khoa học trong quá trình dạy học. Năng lực nghiên cứu khoa học của học sinh được đánh giá bởi giáo viên môn Sinh học đã thực hiện hoạt động nghiên cứu khoa học trong dạy học tại các trường trung học cơ sở.