Vườn Quốc gia (VQG) Xuân Thủy là một vùng đất ngập nước (ĐNN) tiêu biểu cho vùng cửa sông ven biển châu thổ sông Hồng, cung cấp nhiều giá trị đa dạng sinh học (ĐDSH) và hỗ trợ sinh kế cho người dân địa phương thông qua khai thác, nuôi trồng thủy hải sản, phát triển du lịch, duy trì cảnh quan thiên nhiên. Kết quả nghiên cứu cho thấy, tại VQG Xuân Thủy đã xác định được 4 nhóm chỉ số cho việc đánh giá suy thoái hệ sinh thái (HST) ĐNN bao gồm Chỉ số ĐDSH ShannonWeiner
chỉ số phong phú loài Margalef
chỉ số tổ hợp sinh học cá (IBI) và hệ thống thang điểm BMWPVIET đối với nhóm động vật không xương sống (KXS) cỡ lớn, nhóm côn trùng nước. Chỉ số phong phú Margalef (d) vào mùa mưa cao, mức ô nhiễm của môi trường nước thuộc loại không nhiễm bẩn. Chỉ số ĐDSH Shannon-Weiner (H') tại một số điểm tại cồn Lu có chất lượng môi trường từ nhiễm bẩn đến nhiễm bẩn nhẹ, thể hiện có sự suy thoái của HST ĐNN. Theo hệ thống thang điểm BMWPVIET thì chỉ số ASPT = 5,07 thể hiện nước ô nhiễm vừa và sự có sự suy thoái nhẹ của HST ĐNN. Theo chỉ số tổ hợp sinh học cá (IBI) với hệ thống thang điểm tính 12 chỉ số của Karr. (1981) cho thấy, cấu trúc dinh dưỡng có dấu hiệu bị ức chế, thể hiện có sự suy thoái nhẹ của HST nước tại VQG Xuân Thủy. Đặc biệt chỉ số tổ hợp sinh học cá đã cho thấy sự giàu có thành phần loài dưới mức mong đợi, mất đi những loài nhạy cảm nhất với môi trường thay đổi.