Quần xã tuyến trùng (QXTT) được thu mẫu trong 2 mùa mùa mưa năm 2019 và mùa khô năm 2020. Kết quả phân tích chỉ số chống chịu/nhạy cảm c-p (colonizer persister) cho thấy quần xã tuyến trùng sông Ba Lai chủ yếu có c-p bằng 2, đây là nhóm tuyến trùng quần lập, sống ở điều kiện môi trường bị xáo trộn. Trong và ngoài đập ở hai mùa đều xuất hiện các giống tuyến trùng có c-p thấp cho thấy nền đáy sông Ba Lai có dấu hiệu bị xáo trộn ở cả hai mùa mưa khô. Chỉ số sinh trưởng MI (Matuarity index) của tuyến trùng trong hai mùa ở các vị trí chân đập (G3, G4) đều thấp, nền đáy có chất lượng kém. Bên cạnh đó, điểm G16 trong đập có MI vào mùa khô thấp trong khi MI vào mùa mưa cao, có thể thượng nguồn bị xâm nhập mặn và ô nhiễm. Cần có những biện pháp kịp thời để giảm mặn, ổn định nguồn nước ngọt, cũng như hạn chế tác động của đập đến hệ sinh thái nền đáy.