Đề tài được thực hiện nhằm nghiên cứu biến động mật độ Bacillus, Lactobacillus và Vibrio trong bùn ở tuyến sông Mỹ Thanh đầu nguồn (Nhu Gia) giữa nguồn (Mỹ Thanh 1) và cuối nguồn (Mỹ Thanh 2). Mẫu được thu mỗi tháng một lần từ tháng 7/2017 đến 6/2018 vào lúc nước ròng. Mật độ vi khuẩn được xác định bằng phương pháp đếm khuẩn lạc trên đĩa thạch. Kết quả cho thấy, mật độ tổng vi khuẩn cao nhất ở Nhu Gia (5,3×104 CFU/g) thấp nhất ở Mỹ Thanh 2 (5,3×104 CFU/g) và có xu hướng giảm từ tháng 1 đến tháng 6. Mật độ Bacillus và Lactobacillus cao nhất ở Nhu Gia, tiếp đến Mỹ Thanh 1 và thấp nhất là ở Mỹ Thanh 2. Bacillus ổn định qua các tháng trong năm ở cả 3 điểm thu mẫu, nhưng mật độ giảm khi độ mặn tăng. Ở Mỹ Thanh 2 luôn thấp hơn và thấp nhất vào tháng 5 (8,3×103 CFU/g) trong khi đó ở Nhu Gia đạt cao nhất (1,9×106 CFU/g). Lactobacillus biến động thấp nhất (3,4×102 CFU/g) vào tháng 6 và cao nhất (2,7×105 CFU/ml) vào tháng 2. Mật độ tổng vi khuẩn Vibrio spp. ở cửa sông Mỹ Thanh 2 luôn cao hơn 2 điểm còn lại trong suốt quá trình thu mẫu và cao nhất (2,6×105 CFU/g) vào tháng 4. Vibrio có khuynh hướng tăng theo độ mặn và vượt quá 103 CFU/g. V. harveyi, V. parahaemolyticus có khuynh hướng biến động tương tự Vibrio.