Tài nguyên cây thuốc ở Khu bảo tồn thiên nhiên Thần Sa - Phượng Hoàng khá đa dạng về thành phần loài, bộ phận sử dụng, công dụng và giá trị bảo tồn. Kết quả nghiên cứu đã xác định được 608 loài thuộc 454 chi và 153 họ thuộc 5 ngành thực vật là ngành Thông đất - Licopdiophyta, Mộc tặc - Equisetophyta, Dương xỉ - Polypodiophyta, Thông - Pinophyta và Ngọc lan - Magnoliophyta. Các bộ phận được sử dụng làm thuốc ở đây khá đa dạng với 10 bộ phận khác nhau, trong đó bộ phận được dùng nhiều nhất là thân, lá và cả cây. Các bộ phận này có thể chữa được tới 31 nhóm bệnh khác nhau, từ những nhóm bệnh thông thường đến những nhóm bệnh nghiêm trọng. Cách thức sử dụng thuốc của người dân cũng khá đa dạng với 24 cách khác nhau. Bên cạnh đó, tài nguyên cây thuốc ở đây còn có giá trị bảo tồn cao với 28 loài bị đe dọa theo sách đỏ Việt Nam (2007), 12 loài theo Nghị định 06/2019/NĐ-CP. Vì vậy, vấn đề bảo tồn và phát triển tài nguyên cây thuốc là việc làm cần thiết.