Xây dựng bản đồ bộ gen lục lạp hoàn chỉnh của loài lan Hài hồng (Paphiopedilum Delenatii Guillaumin 1924) đặc hữu Việt Nam

0 Người đánh giá. Xếp hạng trung bình 0

Tác giả: Thị Lý Lê, Hữu Thuần Anh Nguyễn, Thành Công Nguyễn, Thanh Điềm Nguyễn, Thị Huyền Trang Vũ

Ngôn ngữ: vie

Ký hiệu phân loại:

Thông tin xuất bản: Tạp chí Công nghệ Sinh học - Viện Khoa học và Công nghệ Việt Nam, 2020

Mô tả vật lý: 87-102

Bộ sưu tập: Metadata

ID: 435888

Thêm vào giỏ Liên kết toàn văn

Tóm tắt
Chủ đề

Lục lạp (chloroplasts) và ty thể (mitochondria) là những bào quan có bộ gen riêng so với bộ gen trong nhân tế bào. Bộ gen lục lạp cung cấp thông tin nghiên cứu về mối quan hệ tiến hóa của các loài, xác định một loài một cách chính xác, cung cấp chỉ thị ứng dụng trong chuyển gen, nhân giống... Nhờ công nghệ giải trình tự thế hệ mới mà việc giải trình tự bộ gen lục lạp dễ dàng hơn.Tuy nhiên quy trình lắp ráp bộ gen lục lạp hiện nay còn khá phức tạp do yêu cầu cần sử dụng nhiều công cụ tin sinh học khác nhau, yêu cầu máy có cấu hình cao, tốn nhiều thời gian. Trong bài viết này, chúng tôi mô tả chi tiết quy trình lắp ráp bộ gen lục lạp hoàn chỉnh của mẫu lan Hài hồng (Paphiopedilum delenatii) đồng thời đưa ra một số khảo sát giúp cho việc lắp ráp dễ dàng và độ tin cậy cao. Bộ gen lục lạp loài lan Hài hồng sau khi được lắp ráp có chiều dài 160.955 bp, gồm một vùng sao chép lớn (large single copy region, LSC), một vùng sao chép nhỏ (small single copy region, SSC) được phân tách bởi hai vùng lặp lại đảo ngược. Tổng số gen là 130 gen, GC content là 35,6%. Dữ liệu trình tự đã được đăng kí vào Ngân hàng gen (GenBank) với mã số MK463585.Nghiên cứu này còn đưa ra những thông số tối ưu để lắp ráp bộ gen. Kết quả nghiên cứu không chỉ đóng góp thông tin bộ gen lục lạp hỗ trợ công tác bảo tồn loài lan Hài đặc hữu của Việt Nam mà còn có ý nghĩa trong việc hỗ trợ hướng nghiên cứu lắp ráp bộ gen lục lạp, có thể áp dụng trên nhiều đối tượng khác.

Tạo bộ sưu tập với mã QR