Mô tả sự đa dạng và phong phú của vi khuẩn trong các điều kiện khác nhau trong tự nhiên, như vi sinh vật đường ruột ở người, lợi khuẩn cho người, vi khuẩn trong nước thải, lên men methane, bùn hoạt tính và vi khuẩn trong quá trình ủ phân hữu cơ ở nhiệt độ cao. Các vi khuẩn có lợi trong tự nhiên có thể được sử dụng phục vụ cho hướng phát triển nông nghiệp bền vững, bao gồm sản xuất phân bón hữu cơ chất lượng cao bằng phương pháp ủ ở nhiệt độ cao với nguyên liệu như phân súc vật, phụ phẩm chế biến thực phẩm, rác thải, tàn dư thực vật sau thu hoạch và bùn thải sinh hoạt. Phương pháp này tạo ra sản phẩm phân bón hữu có chứa các vi khuẩn có lợi là một biện pháp hiệu quả trong phương thức canh tác môi trường lợi khuẩn để phục vụ phát triển nông nghiệp hữu cơ.