Để đánh giá hiện trạng và sự thay đổi phân bố thảm cỏ biển và rạn san hô ở Phú Quốc từ năm 2005 đến năm 2018, chúng tôi sử dụng ảnh vệ tinh đa phổ độ phân giải cao, ảnh máy bay và bản đồ Google. Chúng tôi đã thu thập dữ liệu từ ba khoảng thời gian 2005 (sử dụng ASTER với độ phân giải 15 m), 2010 (sử dụng SPOT5 với độ phân giải 10 m) và 2018 (sử dụng SENTINEL-2 với độ phân giải 10 m). Chúng tôi cũng đã tiến hành đánh giá độ chính xác của 78 địa điểm chính vào tháng 3-tháng 4 năm 2019, đại diện cho san hô (25 địa điểm), cỏ biển (28 địa điểm), đá (8 địa điểm) và cát (12 địa điểm) thông qua hoạt động lặn bằng bình dưỡng khí. Kết quả cho thấy, năm 2018, vùng biển Phú Quốc có 513 ha rạn san hô và 10.035 ha thảm cỏ biển, có 290 ha rạn san hô và 9.185 ha cỏ biển nằm trong khu bảo tồn biển Phú Quốc. Trong khi diện tích rạn san hô không thay đổi từ năm 2005 đến năm 2018 thì thảm cỏ biển bị suy giảm đáng kể 652 ha (6,1%), với mức suy giảm nhiều nhất xảy ra tại Bãi Vòng (501 ha
4,69%), mũi Ông Đội - Hòn Đầm Ngoài (55 ha
0,52%), Hòn Một và Vịnh Đầm (42 ha
0,4% mỗi đảo), mũi Đá Chồng (12 ha
0,12%). Sự suy giảm này phần lớn là do quá trình phát triển cơ sở hạ tầng phục vụ mục đích cộng đồng và du lịch gần đây đã gây ra sự suy thoái của các thảm cỏ biển.