Phân vùng chất lượng nước cho mục đích nuôi tôm ở đầm phá Tam Giang - Cầu Hai được tiến hành với sự hỗ trợ của công nghệ GIS. Mẫu nước được thu ở 44 điểm trong mùa mưa và mùa khô. Kết quả cho thấy các yếu tố nhiệt độ, pH, DO, độ mặn, độ kiềm, N-NH3 mùa khô cao hơn mùa mưa. Giá trị trung bình của các yếu tố môi trường biến động qua các mùa như sau 22,8-29,3 °C (nhiệt độ), 6,09-8,87 (pH), 3,76-8,25 mg/L (DO), 0,3-28,5‰ (độ mặn), 17,9-107 mg/L (độ kiềm) và 0,019-0,725 mg/L (N-NH3). Vùng diện tích có pH <
7, không phù hợp cho lấy nước nuôi tôm, chiếm 2,34% (mùa khô) và 26,7% (mùa mưa) diện tích đầm phá, phân bố chủ yếu ở phía Bắc phá Tam Giang và các khu vực gần bờ, gần các cửa sông đổ vào đầm phá, gần các kênh nước thải nuôi trồng thủy sản và sinh hoạt. Độ mặn thấp (dưới 5‰) không phù hợp cho nuôi tôm tập trung chủ yếu ở Bắc phá Tam Giang với 17,06% diện tích đầm phá. Vùng đầm phá với độ kiềm thấp (<
60 mg/L), không phù hợp cho lấy nước nuôi tôm, chiếm 87,87% diện tích đầm phá (mùa mưa) và 34,21% diện tích đầm phá (mùa khô). Hàm lượng N-NH3 không phù hợp cho hoạt động nuôi tôm (≥0,3 mg/L) chiếm 23,2% diện tích đầm phá (mùa khô) và mùa mưa là 52,6% diện tích đầm phá.