Kiểm soát chi phí luôn là hoạt động quan trọng giúp tăng cường hiệu quả tài chính của đơn vị. Với đơn vị sự nghiệp ngành Y tế chuyển từ được cấp ngân sách sang tự chủ tài chính hoặc tự chủ từng phần thì việc tăng cường hiệu quả tài chính càng cần chú trọng. Mặc dù vậy, do chuyển dịch từ hưởng ngân sách sang tự chủ tài chính thường đi cùng với thay đổi về cấu trúc tổ chức, hoạt động cung cấp dịch vụ nên thường gây ra nhiều khó khăn, nhiều bối rối cho đơn vị sự nghiệp ngành Y tế, đơn vị mà có nhiều năm hoạt động mang phương châm phục vụ lợi ích cộng đồng. Nghiên cứu này tập trung vào kiểm toán chi phí dịch vụ tại đơn vị sự nghiệp ngành Y tế và khảo sát cụ thể tại Trung tâm Y tế dự phòng - Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương, nhằm đưa ra một số giải pháp ban đầu cho các đơn vị.