Khai thác gen mã hóa endo-1,4-beta-xylanase từ dữ liệu DNA metagenome vi khuẩn trong dạ cỏ dê bằng mẫu dò

0 Người đánh giá. Xếp hạng trung bình 0

Tác giả: Trọng Khoa Đào, Thị Huyền Đỗ, Nam Hải Trương

Ngôn ngữ: vie

Ký hiệu phân loại: 576 Genetics and evolution

Thông tin xuất bản: Tạp chí Công nghệ Sinh học - Viện Khoa học và Công nghệ Việt Nam, 2021

Mô tả vật lý: 519-528

Bộ sưu tập: Metadata

ID: 441393

Thêm vào giỏ Liên kết toàn văn

Tóm tắt
Chủ đề

Endo-1,4-beta-xylanase được phân loại vào 9 họ glycoside hydrolase là GH5, 8, 10, 11, 30, 43, 51, 98, 141 dựa trên cơ sở dữ liệu CAZy. Trình tự mẫu dò (probe) đại diện cho enzyme xylanase được xây dựng từ các trình tự đã được công bố mang hoạt tính phân hủy xylan từ các nghiên cứu thực nghiệm. Cụ thể, có một trình tự thuộc họ GH5, 6 trình tự thuộc họ GH8 và 5 trình tự thuộc họ GH30 đã được thu thập, từ đó xây dựng nên các mẫu dò đặc hiệu cho endo-xylanase họ GH8 và GH30. Mẫu dò được xây dựng từ các trình tự thuộc họ GH8 và GH30 có độ dài tương ứng là 351 và 425 amino acid. Giá trị tham chiếu cho mẫu dò của họ GH8 được xác định là các trình tự có điểm tối đa lớn hơn 168, độ bao phủ thấp nhất là 84%, độ tương đồng thấp nhất là 36%
giá trị tương ứng với mẫu dò của họ GH30 là điểm tối đa lớn hơn 316, độ bao phủ lớn hơn 98%, độ tương đồng lớn hơn 41%. Sử dụng các mẫu dò bảo thủ cho các họ GH có hoạt tính endo-1,4-beta-xylanase đã được xây dựng cùng với mẫu dò của hai họ GH10 và GH11 đã được công bố, chúng tôi đã khai thác được 41 trình tự mã hóa xylanase từ dữ liệu giải trình tự DNA metagenome của vi sinh vật trong dạ cỏ dê bản địa Việt Nam. Trong số 41 trình tự khai thác được, 19 trình tự trùng với kết quả chú giải của công ty BGI dựa trên dữ liệu KEGG, ngược lại có 16 trình tự không được chú giải dựa trên dữ liệu KEGG.28 trong số 41 trình tự khai thác được là khung đọc mở hoàn chỉnh, có cấu trúc bậc ba ước đoán tương đồng cao với các cấu trúc của xylanase đã được công bố.

Tạo bộ sưu tập với mã QR