Ba quần thể cá Bỗng thu tại các tỉnh Hà Giang, Tuyên Quang, Hòa Bình đã được đánh giá đa dạng di truyền dựa trên phân tích trình tự gen COI. Kết quả chỉ ra rằng, 3 quần thể nghiên cứu có mức đa dạng haplotype (Hd) tương đối cao và đa dạng nucleotide (π) ở mức trung bình. Đã phát hiện được 11 haplotype khác nhau trong tổng số 90 trình tự được phân tích. Tất cả trình tự của các haplotype này đã được công bố trên cơ sở dữ liệu NCBI, với số hiệu GenBank từ MW446147 đến MW446157. Về giá trị sai khác di truyền FST cho thấy, giữa 3 quần thể cá Bỗng có sự khác biệt di truyền lớn, trong đó sự sai khác giữa Hà Giang và Tuyên Quang là lớn nhất (0,80807). Kết quả phân tích phương sai phân tử (AMOVA) chỉ ra có sự khác biệt về di truyền của cá Bỗng ở 3 vùng nghiên cứu do phần lớn biến dị di truyền là xảy ra giữa các quần thể (64,83%). Các quần thể có khoảng cách di truyền tương đối lớn và có cấu trúc quần thể rõ ràng. Các dữ liệu phân tích đã cho thấy thiếu sự di cư hoặc dòng chảy gen giữa các quần thể.