Ammonia trong môi trường nước là một trong những vấn đề chính dẫn đến thiệt hại trong nuôi trồng thuỷ sản. Ammonia là chất độc đối với tất cả các động vật có xương sống, ammonia là nguyên nhân gây co giật, hôn mê và tử vong. Quá trình phân lập và tuyển chọn các vi khuẩn nitrate hóa bản địa được hy vọng là giải pháp làm giảm nồng độ ammonia và cải thiện chất lượng nước. Nghiên cứu này đã phân lập và xác định được các vi khuẩn ở Quảng Ninh, Hải Phòng để khử ammonia. Vi khuẩn phân lập trong môi trường chọn lọc được định danh bằng phương pháp hoá sinh và phân tích trình tự gen 16S rRNA. Kết quả đã phân lập và tuyển chọn được 8 loài vi khuẩn nitrate có tiềm năng ứng dụng xử lý nước trong nuôi trồng thuỷ sản. Bằng phần mềm BLAST trên NCBI, trình tự gen 16S rRNA của các vi khuẩn nitrate phân lập được so sánh với các chủng vi khuẩn trên GenBank. Kết quả cho thấy, tỷ lệ tương đồng đều đạt hơn 96,71% so với các trình tự gốc trên ngân hàng gen thế giới. Các loài vi khuẩn nitrate hóa được phân lập bao gồm Nitrosomonas marina, Nitrosomonas nitrosa, Nitrosomonas aesturii... trong đó có 2 loài vi khuẩn đặc trưng nhất là Nitrosomonas europaea và Nitrobacter Winogradskyi.