Cá xương (teleosts) tiếp xúc trực tiếp với môi trường nước, tương tác với hệ vi sinh vật phức tạp và luôn thay đổi theo môi trường. Vì vậy, hệ visinh vật có thể ảnh hưởng đến sức khỏe vật chủ (Perez và cs., 2010). Hệ vi sinh vật thủy sinh được định hình rõ ràng bởi chất lượng nước. Hơn nữa, các quần thể vi sinh vật trong đường ruột cá cũng thay đổi đáng kể để phản ứng với các biến đổi của các yếu tố môi trường như nhiệt độ và độ mặn nước (Beasley và cs., 2015). Sự thay đổi nhiệt độ hoặc sự dư thừa amoniac và nitrite trong môi trường nuôi dẫn đến suy giảm chất lượng nước, suy giảm đáng kể chức năng miễn dịch của vật chủ và kéo theo sự gia tăng nhạy cảm với các loại bệnh. Hệ miễn dịch của vật chủ đóng vai trò quyết định sự thay đổi các thành phần hệ vi sinh vật đường ruột, chất lượng nước có thể thay đổi sự tập hợp của hệ vi sinh vật đường ruột qua đó chúng ảnh hưởng lên khả năng miễn dịch của cá (Zhang và cs., 2015). Hiểu được mối quan hệ giữa sự xuất hiện của một số vi sinh vật đặc trưng trong ruột cá, sự thay đổi đồng thời về môi trường nước và sự xuất hiện của dịch bệnh có thể giúp các nhà nghiên cứu phát triển các biện pháp hiệu quả để ngăn ngừa và điều trị bệnh cho cá, cũng như hạn chế việc sử dụng kháng sinh trong nuôi trồng thủy sản.