Mối quan hệ di truyền của các giống hồ tiêu thuộc vùng Đông Nam bộ được đánh giá thông qua việc so sánh trình tự gen matK của các giống hồ tiêu thu thập được và các trình tự tham chiếu trên nguồn cơ sở dừ liệu NCBI. Kết quả phân tích sự biến đổi trinh tự nucleotide gen matK của các giống hồ tiêu cho thấy, các giống hồ tiêu Việt Nam có sự biến đổi trình tự nucleotide nhiều so với các giống hồ tiêu trên thế giới, đặc biệt là giống VLDN3 và ADDN có 17 vị trí biến đổi so với nhóm hồ tiêu thế giới. Các vùng biến đổi đặc trưng quan trọng của nhóm hồ tiêu Việt Nam xảy ra ở vị trí 463 (trừ mẫu giống VLDN1) chiếm tỉ lệ 85,71% trên tổng số mẫu hồ tiêu thu thập. Ở vị trí 680, sự biến đổi xuất hiện ở 4 giống hồ tiêu (VLDN2, VLVT2, VLDN3 và ADDN), chiếm 57,14% tổng số mẫu thu thập. Mối quan hệ phát sinh loài giữa các nhóm hồ tiêu Việt Nam cũng được phân tích và kết quả cho thấy, các giống hồ tiêu nhóm VNI (VLDN1, VLDN2, VLDN9, SRDN, VLVT2) có mối quan hệ gần hơn so với các giống hồ tiêu thuộc nhóm VNII (VLDN3 và AĐDN). Mối quan hệ phát sinh loài của nhóm hồ tiêu Việt Nam và thế giới cũng được xác định khi kết quả phân tích cho thấy nhóm hồ tiêu VNI có mối quan hệ gần hơn nhóm hồ tiêu East Asia (Trung Quốc, Nhật Bản) và Southeast Asia (Thái Lan, Philipin và Pakistan) so với nhóm hồ tiêu VNII.