Nguồn thải chứa lượng Nitơ (N) và Phốt pho (P) hữu cơ vào hồ chứa thủy điện sẽ chuyển hóa thành chất ô nhiễm NH4+, NO2-, NO3-, PO43-. Hồ thủy điện Sơn La có diện tích 225 km2 mặt nước và 10.850 km2 diện tích lưu vực cấp nước để sản xuất điện, nhà máy và đập thủy thủy điện Sơn La có ý nghĩa đặc biệt quan trọng về kinh tế - xã hội, quốc phòng, an ninh. Sử dụng phương pháp tính toán phát thải với hệ số phù hợp, xác định được 10.323 tấn Nitơ/năm và 5.454 tấn Phốtpho/năm vào hồ qua các số liệu dân cư, vật nuôi, cá lồng, canh tác nông nghiệp bán ngập, sa lắng không khí xuống hồ năm 2019. Vận dụng phương pháp tính toán khả năng tự làm sạch hồ thủy điện thông qua các kết quả xác định tổng chất ô nhiễm chính lưu vực tấn N/P, nồng độ các ô nhiễm chính nguồn nước đầu vào và ra khỏi hồ, nồng độ chất ô nhiễm lưu vực (mg/L), đầu vào chất ô nhiễm lưu vực (tấn/ngày), thời gian lưu nước. Qua đó, tính toán được hồ thủy điện Sơn La tự làm sạch được 8.117 tấn/năm với chất ô nhiễm nhóm NH4+, NO2-, NO3-, PO43-, cụ thể dung tích 2.756 triệu m3 và 16 ngày lưu nước, hồ làm sạch được 1.224 tấn, dung tích 6.504 triệu m3 với 37 ngày lưu nước, hồ làm sạch được 2.856 tấn, dung tích 9.260 triệu m3, thời gian lưu nước là 52 ngày hồ làm sạch được 4.037 tấn.