Nghiên cứu được thực hiện với vật liệu nghiên cứu chính gồm 30 mầu giống xoài thu thập tại các tỉnh/thành miền Trung và miền Nam Việt Nam và hệ thống chỉ thị SCoT gồm 52 mồi. Kết quả khuếch đại cho thấy, trong tổng số 52 mồi được khuếch đại, ghi nhận được 22 mồi SCoT cho kết quả đa hình với tổng số 336 band đạt tỷ lệ 100% đa hình. Các band đa hình của các mồi này dao động từ 10 đến 22 band, trong đó SCoT05 và SC0TO6 là hai mồi cho số band đa hình lớn nhất (22 band)
SCoT17 là mồi cho số band đa hình thấp nhất (10 band). Nghiên cứu sử dụng phương pháp phân nhóm UPGMA chia tổng số 30 mẫu giống xoài này thành hai nhóm chinh, trong đó nhóm I bao gồm chủ yếu các giống xoài cát Hòa Lộc có giá trị kinh tế cao
nhóm II đa số các giống bản địa. Dù các mầu giống đều thuộc cùng một loài, nhưng nếu nguồn gốc của chúng thuộc các cây đầu dòng khác nhau thì sẽ cho kết quả phân tích di truyền khác nhau, đây được xem là cơ sở để xây dựng một hệ thống nhằm quản lý tốt các cây ưu thế của loài.