Khu bảo tồn thiên nhiên đất ngập nước (KBTTN ĐNN) Vân Long, khu Ramsar thứ 9 của Việt Nam, nơi có độ đa dạng sinh học cao. Để đánh giá chất lượng môi trường nước ở KBTTN ĐNN Vân Long nghiên cứu này bước đầu sử dụng chỉ số đa dạng Shannon-Wiener (H') và chỉ số tổ hợp sinh học (IBI) của quần xã cá được thu thập ở 2 đợt thực địa vào tháng 9 năm 2019 và tháng 5 năm 2020. Tổng số 33 loài cá thuộc 18 họ, 8 bộ đã được xác định. Chỉ số H' đạt 1,983 và 32 điểm IBI cho thấy chất lượng nước tại KBTTN ĐNN Vân Long xếp ở mức xấu, có thể ảnh hưởng tới các loài thủy sinh vật. Nhìn chung chất lượng môi trường nước mặt phân tích theo chỉ số thủy lý, thủy hóa đạt mức tốt, tuy nhiên nhiều chỉ tiêu đạt mức B1 đến A2, đặc biệt là chỉ tiêu TP (Photphate tính theo P) là ở mức xấu (B1-B2). Như vậy, kết quả đánh giá theo hai phương pháp chỉ số sinh học và phương pháp thủy lý hóa phần nào phù hợp với nhau và đều thể hiện chất lượng nước ở KBTTN ĐNN Vân Long không sạch hoàn toàn. Kết quả nghiên cứu góp phần cung cấp dẫn liệu cho công tác bảo tồn đa dạng sinh học và phát triển du lịch sinh thái ở KBTTN ĐNN Vân Long.