Nghiên cứu được thực hiện nhằm mục đích khảo sát đặc điểm nông học và di truyền của 14 giống lúa nếp được chọn từ các vùng trồng nếp ở đồng bàng sông Cửu Long để tìm những giống có khả năng thích nghi với vùng chuyên canh lúa nếp nhằm đa dạng nguồn giống trong sản xuất, làm vật liệu để lai tạo những giống lúa nếp mới. Đặc điểm nông học được khảo sát trong 02 vụ thu đông 2017 và đông xuân 2017-2018 tại huyện Phú Tân, tỉnh An Giang. 14 giống lúa nếp cũng được khảo sát bảng 9 chỉ thị phân tử SSR tại Viện Nghiên cứu và Phát triển Công nghệ sinh học, Trường Đại học Cần Thơ. Kết quả phân tích đặc điểm nông học, năng suất đã tuyển chọn được giống nếp Đùm Lá Xanh là giống có năng suất cao và có nhiều ưu điểm hơn so với các giống khác trong thí nghiệm. Phân tích năng suất và tính ổn định của các giống cho thấy, 14 giống lúa nếp trong thí nghiệm phân thành bốn nhóm. Kết quả khảo sát bằng 9 chỉ thị phân tử SSR, đã khuếch đại tổng số 19 băng trong đó có 11 băng đa hình đạt tỉ lệ 57,9%. Chỉ số PIC dao động từ 0,00-0,90 với mức độ đa hình trung binh của quần thể trong nghiên cứu này là 0,65. Kết quả phân tích sơ đồ nhánh dựa vào phương pháp UPGMA đã chứng minh các mẫu lúa nếp có sự đa dạng về kiểu gen rất cao và có phần trăm tương đồng dao động từ 49,9-100% và được phân thành 2 nhóm lớn. Nghiên cứu này chỉ ra răng có sự biến đổi về mặt di truyền đáng kể trong số các giống lúa nếp khảo sát mà hình thái học khó có thể phân biệt.