Vào mùa khô, xâm nhập mặn thường xuyên xảy ra tại các nhánh sông Vu Gia và Vinh Điện nằmở hạ lưu lưu vực sông Vu Gia - Thu Bồn. Điều này có thể được giải thích bởi thực tế là dòng nước ngọt từthượng nguồn không đủ mạnh để ngăn nước biển xâm nhập. Ngoài ra, chế độ dòng chảy trong các dòngsông cũng bị ảnh hưởng rất lớn bởi hoạt động của các nhà máy thủy điện nằm ở thượng nguồn. Mặc dùcó một quy trình vận hành các hồ chứa liên hồ trong lưu vực sông Vu Gia - Thu Bồn (1537/QĐ-TTg),nhưng việc thực hiện nó gặp nhiều khó khăn do xung đột về mục đích sử dụng nước, dẫn đến vấn đề xâmnhập mặn. Nghiên cứu này đã đề xuất một kế hoạch hoạt động mới để giảm xâm nhập mặn ở con sôngnày. Theo đó, với cùng một lượng nước, hồ chứa Đak Mi 4a nên xả từ 22 giờ tối đến 6 giờ sáng thay vì xảliên tục 24 giờ theo quy trình hiện tại là 1537/QĐ-TTg. Kết quả cho thấy kế hoạch vận hành mới khôngảnh hưởng đến sản xuất điện của Đak Mi 4a và giảm xâm nhập mặn so với quy trình vận hành hiện tại.