Trong nghiên cứu này, sự đa dạng di truyền và cấu trúc quần thể của 31 mẫu giống chanh leo (Passiflora edulis Sims.) nhập nội (bao gồm loài chanh leo dại P. incarnata) đã được đánh giá thông qua sử dụng chỉ thị phân tử ISSR và SRAP. Qua sàng lọc đã xác định được 10/18 chỉ thị ISSR và 8/15 chị thị SRAP đáp ứng tính đặc hiệu và đa hình trên bộ mẫu giống chanh leo. Kết quả phân tích hệ số dị hợp tử H (0,43), hệ số thông tin đa hình PIC (0,35) và chỉ số năng lực phân biệt D (0,8) của các chỉ thị đạt mức cao, cho thấy sự đa dạng di truyền của bộ mẫu giống chanh leo. Cây phân nhóm di truyền Neighbor-Joining kết hợp với cấu trúc quần thể STRUCTURE đã phân chia các mẫu giống chanh leo thành 5 phân nhóm chính tương quan với màu sắc quả và nguồn gốc. Phân tích AMOVA đồng thời cho thấy nền di truyền của các mẫu giống có sự giao thoa lớn và là kết quả của sự lai tạo giữa các dạng chanh leo và có thể giữa các loài thuộc chi Passiflora. Kết quả này cung cấp cơ sở di truyền trong xác định nguồn gen tiềm năng, phục vụ công tác lưu giữ và khai thác các mẫu giống chanh leo nhập nội ở Việt Nam.