Các loài cá bản địa ở các phụ lưu sông Mê Kông, Việt Nam đã được khảo sát để tìm hiểu phân bố, nguồn gốc, quan hệ phát sinh và phân bố nguồn gốc từ năm 2010 đến 2020. Mối quan hệ tiến hóa, phát sinh loài được phân tích đối với các loài cá bản địa và suy luận yếu tố giới hạn trong phân bố môi trường sống. Các gene sử dụng gồm một số gene tiêu biểu từ bộ gene ty thể và gene nhân như COI, Cyto b, 16S rRNA, ATPase 6-8, RAG1. Diễn giải về nguồn gốc, thời gian phát sinh và xác định tính đặc hữu các loài cá được tích hợp từ kết quả phân tích nghiên cứu này và điều chỉnh dựa trên dữ liệu về phát sinh các bộ cá toàn cầu. Từ 680 mẫu cá được thu thập từ 18 vị trí thu mẫu đã xác định được 200 loài cá tự nhiên bản địa, thuộc 119 giống, 36 họ, 11 bộ, trong đó đa dạng nhất là bộ cá Chép Cypriniformes 125 loài (62%), và cá Da trơn Siluriformes 40 loài (20%). Cá Mè vinh được xác định danh pháp Hypsibarbus gonionotus. Số loài đặc hữu là 73, chiếm tỷ lệ 36% trên các phụ lưu sông Mê Kông ở Việt Nam, trong đó tính đặc hữu cao nhất, lần lượt ở hệ cá sông Nậm Nưa (46%), 3S (27%), và Se Pôn (25%). Khu hệ cá khảo sát được xác định trong ba đơn vị địa lý sinh vật: 43 loài thuộc vùng sinh thái nước ngọt Hạ Lan Thương, 32 loài thuộc Cao nguyên Khorat và 177 loài thuộc Kratie-Stung Treng.