Sử dụng các chỉ thị phân tử liên kết chặt với tính trạng mùi thơm và chống chịu phèn, mặn hỗ trợ trong công tác chọn tạo giống trên quần thể còn đang phân ly về tính trạng quan tâm, hỗ trợ sàng lọc được những cả thể đồng hợp tử mang gen thơm và chống chịu với điều kiện bất lợi của môi trường như phèn, mặn. Trong tổng số 761 cá thể của 10 tổ hợp lại, dưới sự hỗ trợ của 3 chỉ thị phân tử L06 (thơm), RM261 (phèn), RM3412 (mặn), đã sàng lọc được 324 cá thể đồng hợp tử có mang gen mục tiêu riêng biệt, trong đó 195 cá thể mang gen thơm, 53 cá thể mang gen chống chịu phèn, 99 cá thể mang gen chống chịu mặn. Các cả thể ở giai đoạn sớm tiếp tục chon loc dòng phân ly ở các thế hệ sau, các cá thể ở thế hệ F75, cần quan sát thêm 7-89 tính trạng về năng suất và phẩm chất nhằm phát triển nhanh vào sản xuất. Áp dụng các chỉ thị phân tử giúp sàng lọc nhanh các cây đồng hợp tử gen mục tiêu rất cao và chính xác, giảm bớt số cá thể chọn lọc, giảm chi phí chọn giống và rút ngắn thời gian chọn lọc.