Giải mã hệ gen Canine Distemper virus gây bệnh trên chó năm 2018

0 Người đánh giá. Xếp hạng trung bình 0

Tác giả: Đặng Thị Mai Lan, Nguyễn Thị Khuê, Nguyễn Thị Thu Hiền, Đức Thành Đỗ, Thị Roan Đỗ, Thị Thanh Hương Đoàn, Thanh Hòa Lê, Thị Kim Xuyến Lê, Hữu Đức Nguyễn, Hồng Ngọc Phạm

Ngôn ngữ: vie

Ký hiệu phân loại:

Thông tin xuất bản: Tạp chí Công nghệ Sinh học - Viện Khoa học và Công nghệ Việt Nam, 2020

Mô tả vật lý: 465-475

Bộ sưu tập: Metadata

ID: 447615

Thêm vào giỏ Liên kết toàn văn

Toàn bộ hệ gen của chủng virus gây bệnh Carre trên chó (Canine Distemper Virus) thu nhận tại Hà Nội năm 2018 (CDVHN5) đã được giải mã và phân tích phả hệ nguồn gốc. Hệ gen của chủng CDVHN5 có độ dài 15.690 nucleotide, mã hóa cho hai protein không cấu trúc (protein C và V) và 6 protein cấu trúc, gồm: large protein (L), haemagglutinin (H), phosphoprotein (P), nucleocapsid protein (N), fusion protein (F) và matrix protein (M). Trong thành phần hệ gen, Adenine (A) chiếm tỷ lệ cao nhất gồm 4.798 nucleotide (30,58%)
tiếp theo là Thymine (T) gồm 4.177 nucleotide, chiếm 26,62%
Guanine (G) gồm 3.450 nucleotide, chiếm 21,70% và chiếm tỷ lệ thấp nhất là Cytosine (C) gồm 3.310 nucleotide (21,10%). Tỷ lệ G+C là 42,8% thấp hơn tỷ lệ A+T (57,2%). Kết quả so sánh về trình tự nucleotide cho thấy chủng CDVHN5 của Việt Nam có tỷ lệ tương đồng cao nhất (99,7%) với chủng virus cường độc thu nhận tại Thành phố Hồ Chí Minh năm 2014 (CDV/dog/HCM/33/140816), thuộc genotype Asia-1. Chủng CDVHN5 có tỷ lệ tương đồng thấp so với các chủng thuộc các genotype khác (92,4% đến 96%) trong đó thấp nhất với chủng virus vaccine Onderstepoort-US-2002 thuộc genotype America-1 và chủng virus CDV2784-IT-2013 thuộc genotype Arctic (92,4%). Kết quả phân tích phả hệ nguồn gốc cho thấy chủng CDVHN5 thuộc genotype Asia-1 cùng với các chủng của Trung Quốc, Đài Loan, Thái Lan và Hàn Quốc. Cho đến nay mới có duy nhất một hệ gen của CDV Thành phố Hồ Chí Minh công bố trên Ngân hàng gen., Do đó việc bổ sung thêm dữ liệu hệ gen của virus này tại Việt Nam là rất cần thiết.

1. Đọc trực tuyến

1. Đọc trực tuyến

Tạo bộ sưu tập với mã QR