Trong nghiên cứu này, tổng số 380 mẫu thịt (heo, bò, gà) tươi sống đã được lấy ngẫu nhiên tại các chợ truyền thống thuộc trên địa bàn thành phố Hồ Chí Minh. Salmonella spp. được định tính bằng kỹ thuật nuôi cấy theo ISO 6579-1:2017 và khẳng định bằng kỹ thuật PCR (TCVN 8342:2010), đánh giá đặc điểm nhạy cảm kháng sinh với 06 loại kháng sinh thuộc các nhómβ-lactam, quinolone bằng phương pháp khuếch tán trong thạch (Kirby-Bauer) và xác định kiểu gen đề kháng bằng kỹ thuật multiplex PCR. Kết quả cho thấy tỷ lệ nhiễm Salmonella spp. là 42,37% (161/380), từng mẫu riêng biệt có tỷ lệ nhiễm lần lượt 50,00% (63/126) đối với thịt heo, 49,62% (65/131) đối với thịt gà và 26,83% (33/123) đối với thịt bò. Các chủng Salmonella phân lập được kháng tất cả 06 loại kháng sinh thử nghiệm, cao nhất là ampicillin (AM) với 22,98%, kế đến là nalidixic acid (NA) với 10,56%. Tỷ lệ kháng với các kháng sinh khác như amoxicillin/ acid clavulanic (AMC), ceftazidime (CAZ), ciprofloxacin (CIP), ofloxacin (OFX) ở mức thấp (<
10%). Nghiên cứu đã phát hiện 37/161 (22,98%) chủng Salmonella mang gen mã hóa ESBL thuộc nhóm TEM và 5/161 (3,11%) chủng mang gen thuộc nhóm CTX. Không phát hiện trường hợp nào mang các gen thuộc nhóm SHV. Tất cả các chủng Salmonella spp. mang gen mã hóa β-lactamase đều phát hiện mang 04 gen đề kháng nhóm quinolone (bao gồm các gen gyrA, gyrB kháng nalidixic acid
gen parC, parE kháng ofloxacin và ciprofloxacin). Các chủng có kiểu hình gen blaTEM-gyrA/B-parC/E chiếm tỷ lệ phát hiện cao hơn kiểu hình blaCTX-gyrA/B-parC/E và blaTEM/CTX-gyrA/B-parC/E lần lượt là 100%, 40,54% và 5,41%. Dữ liệu này chỉ ra rằng Salmonella có nguồn gốc từ sản phẩm thịt tươi sống có khả năng kháng kháng sinh thuộc 2 nhóm β-lactam và quinolone ở mức đáng báo động. Vì vậy, các chương trình giám sát, kiểm soát Salmonella và tình hình sử dụng kháng sinh ở Việt Nam cần được thiết lập để bảo vệ sức khoẻ người tiêu dùng. Kết quả của nghiên cứu này còn cung cấp thêm bằng chứng trực tiếp về tình trạng nhiễm Salmonella trong thực phẩm và sự lưu hành các chủng kháng kháng sinh ở thành phố Hồ Chí Minh.