20 chỉ thị SSR đã được sử dụng để nghiên cứu đa dạng di truyền của 90 mẫu giống ớt địa phương của Việt Nam. Kết quả cho thấy, tổng số alen phát hiện tại 20 locut là 83 alen khác nhau, trung bình 4 alen/locut. Hệ số thông tin đa hình của mồi (PIC) dao động từ 0,4 đến 0,8, trung bình 0,6 và mức độ tương đồng di truyền trong khoảng từ 0,65 đến 0,94. Tại mức tương đồng di truyền 0,65, các giống ớt nghiên cứu chia làm 2 nhóm nhóm I gồm 80 mẫu giống có mức tương đồng di truyền từ 0,74 đến 0,93
nhóm II gồm 10 mẫu giống có mức tương đồng di truyền từ 0,687 đến 0,92. Nghiên cứu đã xác định được 2 chỉ thị cho nhận dạng đặc trưng là CAMS091 và CAMS-90. Các kết quả thu được trong nghiên cứu này rất có ý nghĩa trong công tác bảo tồn và chọn tạo giống ớt ở Việt Nam.