Đo lường, đánh giá quản lý vốn đầu tư xây dựng cơ bản từ nguồn ngân sách nhà nước là một yêu cầu tất yếu của mọi quốc gia nhằm đánh giá hiệu quả đầu tư công và nâng cao năng lực quản lý nhà nước. Dựa trên lý thuyết quản trị nhà nước tốt và mô hình đánh giá quản lý đầu tư công của Quỹ tiền tệ quốc tế, nghiên cứu cung cấp các bằng chứng cho thấy, còn có khoảng cách trong việc đề ra chính sách với việc tổ chức thực hiện chính sách về quản lý vốn đầu tư xây dựng cơ bản từ nguồn ngân sách nhà nước thuộc Bộ Y tế Việt Nam thông qua mô hình phân tích IPA. Từ những kết quả nghiên cứu, bài viết đề xuất một số kiến nghị mang tính định hướng chính sách nhằm góp phần hoàn thiện quản lý vốn đầu tư XDCB từ nguồn NSNN thuộc Bộ Y tế Việt Nam trong thời gian tới.