Vi khuẩn nội sinh (VKNS) khu trú ở các khoảng gian bào trong các mô thực vật khác nhau mà không gây tổn thương. Nghiên cứu này nhằm tuyển chọn các chủng VKNS từ cỏ Mần Trầu (Eleusine indica) có khả năng đối kháng với vi nấm A. alternata gây bệnh thối ngọn cành (TNC) trên thanh long. Kết quả phân lập đã chọn được 01 chủng vi nấm gây nhiễm bệnh TNC trên thanh long. Dựa trên đặc điểm hình thái và trình tự vùng ITS cho thấy chủng vi nấm này 100% tương đồng với A. alternata. Về VKNS, đề tài đã phân lập và sàng lọc được 16 chủng VKNS từ mẫu cỏ Mần Trầu thu tại Bình Thuận. Trong đó, có 10 chủng đối kháng với A. alternata gây bệnh TNC trên thanh long. Chủng MT47 cho kết quả đối kháng tốt nhất với hiệu suất đối kháng là 32,24%. Kết quả cũng cho thấy khả năng tạo màng sinh học của chủng VKNS kháng nấm (MT47) cao hơn nhiều so với đối chứng. Các kết quả này cho thấy các chủng VKNS này có tiềm năng ứng dụng trong kiểm soát sinh học nấm A. alternata gây bệnh trên thanh long.