Thời gian qua, bên cạnh Quỹ Ngân sách nhà nước, các Quỹ Tài chính nhà nước ngoài ngân sách cũng được tạo lập như một bộ phận quan trọng để hỗ trợ Quỹ Ngân sách nhà nước thực hiện các mục tiêu phát triển kinh tế - xã hội. Như vậy, các Quỹ Tài chính nhà nước ngoài ngân sách là định chế tài chính của Nhà nước, hoạt động độc lập với ngân sách nhà nước nhưng lại là một bộ phận cấu thành của tài chính nhà nước. Các Quỹ Tài chính nhà nước ngoài ngân sách có mối quan hệ chặt chẽ với ngân sách nhà nước trong khuôn khổ tài chính nhà nước, do đó công tác kiểm toán Quỹ Tài chính nhà nước ngoài ngân sách là một trong những nhiệm vụ quan trọng và cấp thiết được Kiểm toán Nhà nước triển khai thực hiện hàng năm.,