Với giá trị viện trợ ngày càng tăng, các tổ chức phi chính phủ nước ngoài đã góp phần trực tiếp vào công cuộc xóa đói, giảm nghèo và phát triển kinh tế - xã hội ở Việt Nam. Tuy nhiên, việc quản lý và sử dụng viện trợ phi chính phủ nước ngoài vẫn còn một số hạn chế, như: công tác kiểm tra, giám sát vốn viện trợ của các tổ chức phi chính phủ nước ngoài còn hạn chế
vốn viện trợ của các tổ chức phi chính phủ nước ngoài chưa được điều phối thật sự hợp lý.