Để ứng phó linh hoạt với diễn biến phức tạp của dịch bệnh Covid-19, Cục Quản lý tài nguyên nước đã tập trung đẩy mạnh cải cách hành chính. Công tác cải cách hành chính của Cục đã đạt được nhiều kết quả tích cực được thể hiện trên các mặt công tác như: Công tác chỉ đạo, điểu hành
cải cách thể chế
cải cách tổ chức bộ máy
xây dựng và nâng cao chất lượng đội ngủ cán bộ, công chức, viên chức
cải cách tài chính công và hiện đại hóa hành chính.