Nguồn gen quýt (C. reticulata) bản địa của Việt Nam rất đa dạng và phong phú, cần được khai thác và sử dụng, phục vụ cho phát triển kinh tế, xã hội một cách hiệu quả và bền vững. Mười bốn mẫu/giống quýt được thu thập ở 10 tỉnh/thành khác nhau đã được giải trình tự nhờ khuếch đại locus ITS trong hệ gen nhân. Đoạn trình tự ITS của 14 mẫu/giống quýt đã được so sánh trình tự với gen tham chiếu công bố trên NCBI. Kết quả so sánh cho thấy: độ tương đồng về trình tự nucleotide của các mẫu/giống quýt nghiên cứu và trình tự tham chiếu đã công bố trên NCBI dao động từ 94,0% đến 99,59% với độ bao phủ dao động từ 96-97%. Hệ số tương đồng di truyền của 14 mẫu/giống quýt nghiên cứu dao động từ 93,59 - 99,73%, 14 mẫu/giống quýt nghiên cứu được phân thành 4 nhóm chính. Dựa vào sự khác biệt nucleotide ở một số vị trí trong trình tự vùng ITS, có thể nhận dạng chính xác sáu mẫu/giống quýt đó là quýt Tích Giang (Q4), quýt Hương Cần (Q5), quýt đỏ Ngọc Hội (Q9), quýt Hôi (Q11), quýt ngọt Hà Giang (Q12) và quýt Bộp (Q13). Kết quả này rất có ý nghĩa, phục vụ cho công tác bảo tồn, khai thác và sử dụng có hiệu quả nguồn gen quýt bản địa của Việt Nam.