Trong những năm qua, cùng với tiến trình cải cách thuế cả nước, công tác quản lý thuế giá trị gia tăng (GTGT) tại Cục Thuế tỉnh Phú Yên đã có những bước chuyển biến căn bản, tổ chức quản lý thuế nói chung và quản lý thuế GTGT nói riêng đã từng bước được cải cách, hiện đại hóa. Tuy nhiên, theo báo cáo tổng kết của Cục Thuế tỉnh Phú Yên từ năm 2016 đến năm 2019, số thuế GTGT thu được những năm gần đây chỉ khoảng 350-500 tỷ đồng
số thu có tăng qua các năm, tuy nhiên năm 2018, 2019 chưa hoàn thành dự toán Tỉnh giao. Bên cạnh đó, tình trạng trốn thuế, lách thuế GTGT vẫn còn diễn ra phổ biến trên địa bàn tỉnh dưới nhiều hình thức tinh vi, khó phát hiện, số thuế GTGT bị thất thoát ngày càng lớn. Vì vậy, tăng cường công tác quản lý thuế GTGT là vấn đề cấp bách của ngành Thuế nói chung và Cục Thuế tỉnh Phú Yên nói riêng.