Vào nửa đầu thế kỷ XIX, khi quan hệ khu vực có nhiều biến động, nhà Nguyễn đã thi hành các chính sách cương quyết để bảo vệ biên giới Tây - Nam, cho đào kênh mương trấn giữ dọc theo biên giới để bảo vệ lãnh thổ. Trách nhiệm và nghĩa vụ bảo vệ chủ quyền của lực lượng quân đội được quy định chặt chẽ trong bộ luật Gia Long hoàn thành năm Gia Long thứ 11 (Nhâm Thân-1812). Nhà Nguyễn đã lập địa bạ trên toàn Lục tỉnh Nam Kỳ (1836)
thiết lập, củng cố tổ chức hành chính, hoàn chỉnh bộ máy quản lý xã hội từ thôn (xã) đến tổng, huyện, phủ, tỉnh. Bên cạnh bộ máy tổ chức hành chính, chùa Phật Tiểu thừa của người Khmer, các thiết chế văn hóa, tín ngưỡng dân gian của người Việt được hình thành và vận hành: đình thờ Thành hoàng, am miếu của Đạo giáo và chùa phật Đại thừa. Các thiết chế, cơ sở văn hóa và tín ngưỡng dân gian này vừa có tác dụng trấn tĩnh nhân tâm, ổn định xã hội, vừa góp phần vào việc thực thi chủ quyền của Việt Nam trên những vùng đất mới. Việc đào kênh, đắp đường, phát triển giao thông thủy bộ như đào kênh Thoại Hà (1817), kênh Vĩnh Tế (1819-1824), kênh Vĩnh An (1843-1844) vừa tạo nên những hào lũy nhân tạo kết hợp với những hào lũy tự nhiên để bảo vệ lãnh thổ. Trước sức mạnh xâm lược của thực dân Pháp, nhà Nguyễn đã từng bước nhượng các tỉnh thuộc vùng đất Nam Kỳ cho Pháp vào các năm 1862, 1867 và 1874, tuy điều này thể hiện sự bất lực của Nhà Nguyễn, nhưng về mặt pháp lý, nhất là ý nghĩa pháp lý quốc tế thì các Hiệp ước này lại là bằng chứng về chủ quyền lãnh thổ không thể tranh cãi của Việt Nam đối với vùng đất Nam Kỳ. Pháp không thể ký kết một Hiệp ước chia cắt một phần lãnh thổ của một quốc gia nếu quốc gia không có chủ quyền đối với vùng lãnh thổ đó. Điều đó, chứng tỏ sự tài tình lãnh đạo của nhà Nguyễn lúc bấy giờ, cụ thể là vua Minh Mạng - vị vua này tuy ngồi ở Kinh đô Phú Xuân (Huế) nhưng đã vươn cánh tay quyền lực ra toàn cõi nước Nam, tiến hành một cuộc cải cách hành chính quyết liệt, tổ chức lại toàn bộ bộ máy nhà nước thời nhà Nguyễn. Nhờ đó mà nước Đại Nam trở thành một quốc gia thống nhất lãnh thổ hành chính và phong tục lễ nghĩa từ việc thực thi chủ quyền ở các hòn đảo trên biển Đông.