Trong những năm gần đây, quản lý tài chính của các trường đại học công lập đã có nhiều chuyển biến tích cực để phù hợp hơn với quá trình phát triển, cũng như tiến tới tự chủ đại học. Điều này được thể hiện ngày càng rõ nét trong các văn bản luật và dưới luật về cơ chế tự chủ đối với đơn vị sự nghiệp công lập nói chung và trường đại học công lập nói riêng. Trên thực tế, bên cạnh những kết quả đạt được còn không ít những tồn tại, những khó khăn, thách thức đối với công tác quản lý tài chính tại các trường đại học công lập trong quá trình tiến tới tự chủ.