Nhận diện được năm dòng phụ Omicron là BA.1, BA.2, BA.3, BA.4 và BA.5. Các dòng phụ BA.4 và BA.5 có quan hệ tiến hóa gần nhau nhất với khoảng cách 0.000782 tạo thành nhóm BA.4-5. Nhóm BA.4-5 và dòng phụ BA.2 có quan hệ tiến hóa gần với khoảng cách trung bình là 0.00301. Nhóm BA.4-5 và BA.1-3 có quan hệ tiến hóa xa với khoảng cách trung bình là 0.014288. Cả năm dòng phụ BA.1-5 và chủng Gốc đều có quan hệ tiến hóa xa nhất với khoảng cách trung bình là 0.0237614. Các dòng phụ của Omicron có thể phân thành hai phân nhóm BA.2-4-5 và BA.1-3, khoảng cách trung bình của hai phân nhóm này là 0.012995.