Công tác bảo vệ môi trường nông thôn, trong đó có môi trường trong chăn nuôi, đã được các cấp, cấc ngành, địa phương quan tâm, nhưng mới chỉ thực hiện được ở những cơ sở chăn nuôi quy mô lớn, quy mô trang trại. Với những hộ chăn nuôi nhỏ lẻ, nhất là ở những thôn, xã vùng cao, việc xử lý chất thải chăn nuôi vẫn là bài toán khó.