Qua phân tích và đánh giá chất lượng nước đầm phá Tam Giang - Cầu Hai từ năm 1998-2002, cho thấy chất lượng nước đầm phá đạt yêu cầu cho mục đích nuôi trồng thủy sản và các mục đích sử dụng khác. Song, do những tác động phức tạp và đa dạng của các điều kiện tự nhiên và hoạt động của con người, đặc biệt là sự phát triển không ngừng các hoạt động khai thác và nuôi trồng thủy sản trong vùng đã và đang có nguy cơ làm ô nhiễm nước: ô nhiễm các chất hữu cơ, ô nhiễm vi khuẩn phân nồng photphat ở mức tiềm tàng gây phú dưỡng và nồng độ Zn2+ vượt quá tiêu chuẩn chất lượng nước phục vụ cho nuôi trồng thủy sản.