Ngành than thải ra một lượng nước thải lớn: vùng Hòn Gai-Hạ Long, nước thải đạt đến 21.9676.500m3 trong năm 1998, với tỷ lệ 2,68m3/1 tấn than khai thác. Ngành than đầu tư cho 50 hệ thống xử lý nước thải.