Trong thời gian 2001-2005 Bộ Thuỷ sản có chương trình khoa học công nghệ với 14 đề tài nghiên cứu và 1 dự án, với tổng kinh phí 23.070 triệu đồng. Các đề tài tập trung về các lính vực nuôi trồng thuỷ sản, bệnh thuỷ sản, cơ khí dịch vụ, khai thác, điều tra, tái tạo nguồn lợi thuỷ sản, chế biến thủy sản, kinh tế thuỷ sản, thông tin thuỷ sản. Các đề tài nghiên cứu đã dạt được những kết quả như mục tiêu đề ra.