Quy trình giải trình tự gen thế hệ mới (next Generation Sequencing) một số gen liên quan đến tính kháng thuốc điều trị của Plasmodium falciparum=Develop sop for next-generation sequencing (NGS) of some genes related to drug resistance in Plasmodium falciparum

0 Người đánh giá. Xếp hạng trung bình 0

Tác giả: Quang Thiều Nguyễn, Thị Hồng Ngọc Nguyễn, Thị Hương Bình Nguyễn, Thị Thanh Chung Nguyễn, Vân Hồng Nguyễn

Ngôn ngữ: vie

Ký hiệu phân loại:

Thông tin xuất bản: Tạp chí Y học Việt Nam (Tổng hội Y học Việt Nam), 2024

Mô tả vật lý: tr.237-246

Bộ sưu tập: Metadata

ID: 478006

Thêm vào giỏ

To develop a Whole Genome Sequencing process of some genes related to drug resistance in Plasmodium falciparum. Research objects and methods: Optimizing the DNA extraction process, standardizing the concentration and quantity of input DNA, designing 2 set specific primers to amplify gene segments related to 14 antimalarial drug resistance genes and optimizing the steps of whole genome sequencing on Miseq machine. Applying the optimized whole genome sequencing process to blood samples to evaluate technical parameters. Results: Developt and validating the whole genome sequencing process with some genes related to drug resistance of P. falciparum on the Illumina Miseq machine including: optimizing the amount of sample input (1 drop of blood with 5mm diameter) and the amount of input DNA with malaria parasite density (100 parasites/μL), designing 2 sets of primers to amplify 233-265 gene segments related to 13-14 drug resistance genes with P. falciparum. Do sequencing 10 samples single infected with P. falciparum, evaluating the quality by FASTQC software. Conclusion: Building and optimizing the whole genome sequencing process with some genes related to drug resistance of P. falciparum on the Illumina Miseq machine. Applying the process on 10 clinical samples adapted the quality requirements.Xây dựng quy trình giải trình tự toàn bộ hệ gen (Whole Genome Sequencing) một số gen liên quan đến tính kháng thuốc của Plasmodium falciparum. Đối tượng và phương pháp nghiên cứu: Tối ưu hóa quy trình tách chiết ADN, chuẩn hóa nồng độ và số lượng ADN đầu vào, thiết kế 2 sét mồi đặc hiệu để khuếch đại các đoạn gen có liên quan đến 14 gen kháng thuốc điều trị sốt rét và tối ưu hóa các bước thực hiện giải trình tự toàn bộ hệ gen trên máy Miseq của hãng Illumina. Áp dụng quy trình giải trình tự toàn bộ hệ gen đã tối ưu với mẫu máu để đánh giá thông số kỹ thuật. Kết quả: Xây dựng và thẩm định quy trình giải trình tự toàn bộ hệ gen với một số gen liên quan đến tính kháng thuốc của Plasmodium falciparum trên máy Miseq bao gồm: tối ưu hóa được lượng mẫu đưa vào (1 giọt máu đường kính 5mm) và lượng ADN đầu vào mật độ ký sinh trùng sốt rét (100 KST/μL), thiết kế được 2 set mồi khuếch đại 233-265 đoạn gen liên quan đến 13-14 gen kháng thuốc với P. falciparum. Khảo sát ADN của 10 mẫu nhiễm đơn ký sinh trùng Plasmodium falciparum, đánh giá chất lượng theo phần mềm FASTQC. Kết luận: Đã xây dựng và tối ưu quy trình giải trình tự tự toàn bộ hệ gen với một số gen liên quan đến tính kháng thuốc của Plasmodium falciparum trên máy Miseq của hãng Illumina. Áp dụng quy trình trên 10 mẫu lâm sàng đạt yêu cầu về chất lượng.

1. Đọc trực tuyến

1. Đọc trực tuyến

Tạo bộ sưu tập với mã QR